Les intérieurs de l'église sont une symphonie d'espace et de couleurs. Un large mur transversal divise l'espace, typique des églises franciscaines, recouvert d'une fresque impressionnante qui allie l'élégance de la Renaissance à une grâce décorative spontanée. Au centre trône une « Crucifixion » entourée de quinze tableaux illustrant la vie du Christ, peints entre 1495 et 1505 par un artiste lombard talentueux, mais malheureusement inconnu.

La fresque de la chapelle de droite, dédiée à la Dormitio Mariae, avec une statue en bois dans une urne dorée, est une autre splendeur. Attribuée au cercle de Gaudenzio Ferrari, elle dégage une grâce particulière. Deux autres fresques sont particulièrement précieuses, l'une représentant Saint-Bernard entre les saints Roch et Sébastien, et l'autre « l'Annonciation » dans l'arc de triomphe du chœur, attribuée à un peintre du cercle d'Ambrogio Borgognone.

L'église abrite également des peintures des 17ème et 18ème siècles, d'anciennes plaques funéraires et des grilles en fer forgé des 16ème et 18ème siècles. L'une des églises les plus précieuses du Tessin, à contempler avec calme et respect, propriété de la ville de Bellinzone.