La nuit Thomas Anderson devient Neo, un des pirates les plus recherchés du cyber-espace. Il est assailli par d'étranges songes et des messages cryptés d'un certain Morpheus qui est persuadé que Neo est l'Elu, le libérateur mythique de l'humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice.