Paddington est fier de montrer son nouveau passeport. Lorsqu'une lettre arrive d'Amérique du Sud, les Brown décident de passer leurs vacances au Pérou. Là-bas, ils apprennent que la tante de Paddington, Lucy, a disparu. Dans sa chambre, il trouve une carte avec un indice, et tout le monde se retrouve bientôt impliqué dans une aventure passionnante.