Un an après les cauchemars vécus à la pizzeria Freddy's, les événements sont devenus un mythe local, si populaire que la ville prévoit d'organiser la première «Fazfest». Mike et Vanessa ont caché à Abby, la sœur de Mike, la vérité sur les animatroniques et leur passé. Elle rencontre secrètement Freddy, Bonnie, Chica et Foxy, et dévoile ainsi de sombres secrets longtemps restés cachés.

Au cœur des films se trouve la famille Garrity, qui doit fuir une pluie de comètes destructrice dans la première partie. Le père John se bat avec sa femme Allison et son fils Nathan pour trouver un refuge. Après ces événements dramatiques, ils partent du Groenland pour traverser les terres désolées et dévastées de l'Europe, déterminés à trouver un nouveau foyer sûr.

Les détectives animaliers Judy Hopps et Nick Wilde tombent sur la piste énigmatique d'un mystérieux reptile qui fait son apparition à Zoomania et met la métropole sens dessus dessous : Gary De'Snake ! Pour résoudre l'affaire, les deux détectives doivent s'infiltrer dans des quartiers totalement inconnus, ce qui met leur partenariat naissant à rude épreuve.