Bob l'éponge, qui souhaite enfin faire partie des grands et prouver son courage à M. Krabs, suit le Hollandais volant, un mystérieux et audacieux pirate fantôme. C'est ainsi que commence une aventure maritime trépidante et drôle qui le mène dans les profondeurs les plus insondables de la mer, où aucune éponge n'est jamais allée auparavant.