Au cœur des films se trouve la famille Garrity, qui doit fuir une pluie de comètes destructrice dans la première partie. Le père John se bat avec sa femme Allison et son fils Nathan pour trouver un refuge. Après ces événements dramatiques, ils partent du Groenland pour traverser les terres désolées et dévastées de l'Europe, déterminés à trouver un nouveau foyer sûr.

Bob l'éponge, qui souhaite enfin faire partie des grands et prouver son courage à M. Krabs, suit le Hollandais volant, un mystérieux et audacieux pirate fantôme. C'est ainsi que commence une aventure maritime trépidante et drôle qui le mène dans les profondeurs les plus insondables de la mer, où aucune éponge n'est jamais allée auparavant.