Les vacances d'été commencent, mais peu avant leur road trip prévu, les trois ??? reçoivent un appel mystérieux : un inconnu leur confie une nouvelle affaire concernant la société secrète Sphinx, le professeur Phoenix et Olin, qui mènent des fouilles illégales. La piste mène finalement à l'île volcanique de Makatao, la célèbre île des morts, où un grand danger menace tout le monde.

Dans un futur proche, un détective du LAPD est jugé pour le meurtre de sa femme. Il dispose exactement de 90 minutes pour prouver son innocence à une juge IA avancée, dont il a autrefois soutenu le développement, avant qu'elle ne décide de son sort.