Der Alpnachersee ist kein eigenständiger See, sondern ein Seitenarm des Vierwaldstättersees. Er liegt in den beiden Kantonen Nid- und Obwalden und ist etwa 4,8 km lang und 1,4 km breit. Die Südflanke des Pilatusmassivs grenzt an das Nordufer. Insbesondere schiebt sich der Lopper wie ein Riegel zwischen Alpnachersee und die Horwerbucht des Vierwaldstättersees. Das Südostufer steigt zumeist steil an zum Mueterschwanderberg (mit der unterirdischen Festung Mueterschwanderberg ) bzw. zum Rotzberg mit der Burgruine Rotzberg.