Das Hilfswerk ist mit rund 200 Projekten in 35 Ländern tätig. HEKS arbeitet ausschliesslich mit Partnerorganisationen vor Ort zusammen und sendet keine Schweizerinnen und Schweizer ins Ausland. In 18 Schwerpunktländern ist HEKS mit eigenen Koordinationsbüros präsent. Für die Besetzung der Koordinationsbüros werden grundsätzlich lokale Mitarbeitende rekrutiert. In der Schweiz setzt HEKS seine Projekte über fünf Regionalstellen und das Secrétariat Romand um.

Schwerpunkte des Hilfswerks sind: - Entwicklung ländlicher Gemeinschaften - Konfliktbearbeitung und Friedensförderung - Humanitäre Hilfe - Kirchliche Zusammenarbeit - Soziale Integration in der Schweiz - Anwaltschaft für sozial benachteiligte Menschen