Al centro dei film c'è la famiglia Garrity, che nella prima parte deve fuggire da una pioggia di comete distruttiva. Il padre John lotta con sua moglie Allison e suo figlio Nathan per trovare un rifugio. Dopo i drammatici eventi, partono dalla Groenlandia attraverso la desolata Europa devastata, determinati a trovare una nuova patria sicura.

I detective animali Judy Hopps e Nick Wilde si imbattono nelle tracce misteriose di un misterioso rettile che appare a Zoomania e sconvolge completamente la metropoli: Gary De'Snake! Per risolvere il caso, i due devono infiltrarsi sotto copertura in quartieri completamente sconosciuti, mettendo così a dura prova la loro crescente collaborazione.