Deux ans après que Godzilla a plongé le Japon, déjà ravagé par la guerre, dans le chaos, le pays lutte toujours pour se relever et retrouver une vie normale. Alors même que les gens parviennent à préserver une paix durement acquise, une nouvelle menace surgit et anéantit leurs espoirs. Le Japon doit désormais faire face à un nouveau combat qui pourrait bien être décisif.