Due anni dopo che Godzilla ha gettato nel caos il Giappone devastato dalla guerra, il Paese sta ancora lottando per riprendersi e tornare alla normalità. Proprio quando la popolazione riesce a mantenere una pace conquistata a fatica, una nuova minaccia si abbatte su di loro e distrugge ogni speranza. Ora il Giappone si trova nuovamente di fronte a una battaglia che potrebbe decidere definitivamente le sorti di tutto.