La vivace Heidi vive con lo scorbutico nonno Alpöhi in una baita sulle Alpi svizzere. Invece di andare a trovare la sua amica Clara, trova un cucciolo di lince ferito e lo cura di nascosto per farlo guarire. Ma l'uomo d'affari Schnaittinger, avido di denaro, vuole distruggere le montagne per costruire una segheria. Heidi e Geissenpeter lottano per salvare la natura e le linci.

Quando Grande Puffo viene misteriosamente rapito dai malvagi stregoni Gargamella e Razamella, Puffetta e i Puffi partono alla volta del mondo reale per liberarlo. Con l'aiuto dei loro nuovi amici, i Puffi devono scoprire qual è il loro destino per salvare l'universo.