SpongeBob, che finalmente vuole diventare grande e dimostrare il suo coraggio al signor Krabs, segue l'Olandese Volante, un misterioso e temerario pirata fantasma. Inizia così un'avventura marittima frenetica e divertente che lo porta nelle profondità più remote dell'oceano, dove nessuna spugna è mai stata prima.