Sankt Margrethen (toponimo tedesco; ufficialmente St. Margrethen) è un comune svizzero di 6 558 abitanti del Canton San Gallo , nel Distretto di Rheintal .

Il territorio di Sankt Margrethen si estende sul versante occidentale della valle del Reno lungo il confine tra l'Austria e la Svizzera , tra le colline del Vorderland appenzellese e l'antico corso del fiume; ha una superficie di 6,87 km², dei quali il 28,3% è utilizzato per scopi agricoli, il 31,5% è boschivo, il 34,8% è occupato da insediamenti (edifici o strade) e il restante 5,4% è non produttivo (fiumi o laghi).

Nel territorio del comune sono stati rinvenuti diversi resti preistorici, tra cui un'ascia in pietra del Neolitico e una spada risalente all'Età del bronzo.

Nel Medioevo Sankt Margrethen fece parte, insieme a Walzenhausen , della corte imperiale di Höchst; dal 1490 i cantoni confederati esercitarono i diritti sovrani sull'area, mentre bassa giustizia, signoria fondiaria e diritti di collazione rimasero nelle mani dell'Abbazia di San Gallo , che proteggeva con due fortezze (una distrutta dagli Appenzellesi nel 1405 e l'altra – quella di Grimmenstein – dai cittadini di Costanza nel 1416) la zona. Nel 1483 la corte fu sottoposta al baliaggio di Rosenberg.