Pruntrut (französisch Porrentruy [pɔʀɑ̃tʀɥi], familiär [pɔʀɑ̃], im Ortsdialekt [ɛ pwɛrɛ̃'try]) ist eine Kleinstadt, politische Gemeinde und Hauptort des gleichnamigen Bezirks im schweizerischen Kanton Jura. Das Städtchen ist das Zentrum der Region Ajoie.

Pruntrut liegt auf 443 m ü. M., 21 Kilometer westnordwestlich des Kantonshauptorts Delsberg (Luftlinie). Die Stadt erstreckt sich in einer weiten Niederung beidseits der Allaine, in der Ajoie, am Nordfuss des Kettenjuras. Die stattliche Altstadt von Pruntrut liegt in leicht erhöhter Lage.

Die Fläche des 14,8 km² grossen Gemeindegebiets umfasst im zentralen Teil die breite Talniederung der Allaine.