Der Bahnhof Brunnen liegt im Ortsteil Ingenbohl der gleichnamigen Gemeinde, einige hundert Meter vom namensgebenden Ort Brunnen SZ entfernt. Er wird von Zügen der Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) und der Schweizerischen Südostbahn (SOB) bedient.

Der Bahnhof befindet sich an der Gotthardlinie und somit an der wichtigen Nord-Süd-Achse Basel/Zürich–Tessin. Er wird nicht nur durch Züge des Fern- und Regionalverkehrs bedient, auch mehrere Buslinien der Auto AG Schwyz und der Zugerland Verkehrsbetriebe passieren den Bahnhof.

Vor dem Empfangsgebäude befindet sich ein Brunnen samt Statue des lokalen Bildhauers Josef Bisa.

Vor Baubeginn gab es Differenzen in der Gemeinde über den Standort des Bahnhofs: Während die Brunner Dörfler die Station am See beim Mythenstein zu liegen haben wollen, verlangten die Ingenbohler Bauern den Bau am heutigen Standort.