Der Pfäffikersee ist ein 3,3 km² grosser See im Zürcher Oberland, Schweiz, mit einem Einzugsgebiet von 40 km².

Der Pfäffikersee liegt in einer Talniederung am Westrand des Hügelgebietes im Sattel des Übergangs vom Glatt- ins Kempttal im Zürcher Oberland. Der See erstreckt sich in Nord-Süd-Richtung zwischen Pfäffikon ZH und Wetzikon mit einer Länge von 2,5 und einer mittleren Breite von 1,3 Kilometern. Der mittlere Seespiegel liegt auf 537 m ü. M.; der tiefste Punkt des Seebodens erreicht 501 m ü. M., was einer maximalen Tiefe von 36 Metern entspricht; die mittlere Seetiefe beträgt 18,5 Meter. Die Distanz des ZAW-Wanderweges um den Pfäffikersee misst neun Kilometer.

Einziger nennenswerter Zufluss ist der Kemptnerbach (im Dialekt auch Chämtnerbach genannt), der im westlichen Tössbergland zwischen Bäretswil und Fischenthal unterhalb des Allmen entspringt und nach rund 9,5 km Lauf im Südosten in den Pfäffikersee mündet.