St. Margrethenberg ist eine Ortschaft in der politischen Gemeinde Pfäfers im Süden des Kantons St. Gallen im Wahlkreis Sarganserland. Sie bildet mit Pfäfers und Vadura die Ortsgemeinde Pfäfers.

St. Margrethenberg liegt oberhalb von Pfäfers auf rund 1200 Metern über Meer und hat knapp 85 Einwohner.