Etzelkofen ist ein Ort in der politischen Gemeinde Fraubrunnen im Verwaltungskreis Bern-Mittelland des Kantons Bern in der Schweiz. Bis zum 31. Dezember 2013 war Etzelkofen eine eigene politische Gemeinde. Am 1. Januar 2014 fusionierte diese mit den Gemeinden Büren zum Hof, Fraubrunnen, Grafenried, Limpach, Mülchi, Schalunen und Zauggenried zur neuen Gemeinde Fraubrunnen.

Etzelkofen liegt im nordöstlichen Teil des Rapperswiler Plateaus im Schweizer Mittelland, eingebettet in einer leicht erhöhten Talmulde des Limpachtales, zwischen den Dörfern Messen im Kanton Solothurn im Norden und Fraubrunnen im Kanton Bern im Süden.