Das Dorf Wagen ist eine Ortschaft der Gemeinde Rapperswil-Jona im Kanton St. Gallen in der Schweiz.

Die ländlich geprägte Ortschaft auf dem Gebiet der ehemaligen Gemeinde Jona liegt im Osten der Gemeinde und grenzt in östlicher Richtung an Eschenbach. Die Ortschaft liegt eingebettet zwischen zwei Hügelzügen, dem Curtiberg im Norden und einer langgezogenen und dicht bewaldeten Erhöhung, die Wagen von Bollingen und dem Obersee trennt. Zum Dorf Wagen gehören Siedlungen jüngeren Datums, die an einen Berghang im Gebiet Curtiberg gebaut wurden.

Das Dorf ist teilweise von Wald umgeben, und die Landschaft ist von Wiesen geprägt.